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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  32 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, asnC family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One of these subfamilies groups together:
  8.  
  9.  - asnC, a regulatory protein from Escherichia coli,  which is an activator of
  10.    asnA transcription and a  repressor of  the expression  of  gidA at a post-
  11.    transcriptional level.
  12.  - gylR, from Streptomyces [1], a possible  activator  protein  for the gylABX
  13.    glycerol operon.
  14.  - lrp, the leucine-responsive  regulatory protein from Escherichia coli  [2].
  15.    Lrp activates a number of operons in response to the  presence of exogenous
  16.    leucine.
  17.  
  18. The 'helix-turn-helix' DNA-binding motif of these proteins  is  located in the
  19. N-terminal part of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins
  20. spans the complete helix-turn-helix motif and extend three residues downstream
  21. and six residues upstream of both extremities.
  22.  
  23. -Consensus pattern: R-x-[GSA]-x(2)-[DE]-[LIVM]-[SA]-x(2)-[LIVMFY]-G-[LIVM]-
  24.                     [SA]-x(7)-[LIVM]-x(2)-[LIVM]-x(3)-G
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Last update: December 1991 / First entry.
  27.  
  28. [ 1] Bolotin A., Biro S.
  29.      Gene 87:151-152(1990).
  30. [ 2] Willins D.A., Ryan C., Platko J.V., Calvo J.M.
  31.      J. Biol. Chem. 266:10768-10774(1991).
  32.